杭州市健康实验学校创办于1982年2月在原下城区东海小学内设立的辅读班。1983年9月在东健康路独立办学，定名为杭州市健康路小学。1988年4月下城区弱智教育咨询中心在学校成立。1996年8月搬迁至延安新村过渡。1998年8月搬迁至朝晖七区42号，2000年3月更名为杭州市健康实验学校。2014年4月，下城区教育局启动特殊教育提升工程，投入350万用于学校校舍改建和搬迁。2015年5月学校搬入新址（朝晖七区75号）。学校是下城区唯一的特殊教育学校，也是浙江省成立最早的智障儿童教育学校。